Si no se conoce el script pero se desea reemplazar el contenido de uno o varios archivos se utiliza el comando find de Linux
find PATH -name "*.php" -print | xargs perl -pi -e "s/[TEXTO A BUSCAR][TEXTO A REEMPLAZAR]/g"
PATH es la ruta en el servidor. Si en el texto a buscar y/o texto a reemplazar es una url se deben escapar los caracteres slash. Por ejemplo:
find PATH -name "*.php" -print | xargs perl -pi -e "s/http:\/\/getbootstrap.com\/dist\/css\/bootstrap.min.css/https:\/\/bootswatch.com\/4\/cerulean\/bootstrap.min.css/g"
